La meilleure période pour se rendre à San Javier est de juillet à septembre.
Sur l'année, la température moyenne varie peu. Elle se situe autour de 26 °C.
C'est en juin que les températures sont les plus basses, avec des minimales autour de 21 °C. Avec en moyenne 32 °C de température maximale, c'est en août que les températures sont les plus élevées.
On compte généralement 197 jours de précipitations chaque année à San Javier.
Août est le mois le moins pluvieux avec 30 mm et 5 jours de précipitations et Janvier le plus pluvieux avec jusqu'à 289 mm et 27 jours de précipitations.
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