La meilleure période pour se rendre à Huanuni est en mai, de juillet à août et d'octobre à novembre.
Sur l'année, la température moyenne varie peu. Elle se situe autour de 10 °C.
C'est en juin que les températures sont les plus basses, avec des minimales autour de 0 °C. Avec en moyenne 17 °C de température maximale, c'est en novembre que les températures sont les plus élevées.
On compte généralement 104 jours de précipitations chaque année à Huanuni.
Juin est le mois le moins pluvieux avec 11 mm et 1 jours de précipitations et Janvier le plus pluvieux avec jusqu'à 203 mm et 19 jours de précipitations.
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