La meilleure période pour se rendre à San Ignacio de Moxos est de juillet à septembre.
Sur l'année, la température moyenne varie peu. Elle se situe autour de 26 °C.
C'est en juin que les températures sont les plus basses, avec des minimales autour de 21 °C. Avec en moyenne 33 °C de température maximale, c'est en septembre que les températures sont les plus élevées.
On compte généralement 171 jours de précipitations chaque année à San Ignacio de Moxos.
Août est le mois le moins pluvieux avec 29 mm et 4 jours de précipitations et Février le plus pluvieux avec jusqu'à 268 mm et 23 jours de précipitations.
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