La meilleure période pour se rendre à San Agustín est de janvier à février, en avril et de juin à novembre.
Sur l'année, la température moyenne varie peu. Elle se situe autour de 18 °C.
C'est en août que les températures sont les plus basses, avec des minimales autour de 15 °C. Avec en moyenne 22 °C de température maximale, c'est en septembre que les températures sont les plus élevées.
On compte généralement 294 jours de précipitations chaque année à San Agustín.
Août est le mois le moins pluvieux avec 158 mm et 22 jours de précipitations et Novembre le plus pluvieux avec jusqu'à 360 mm et 24 jours de précipitations.
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Comme chaque année de juillet à novembre, les baleines à bosse se retrouvent dans les eaux tropicales colombiennes pour se reproduire et préparer leur progéniture au voyage vers le Grand Sud.
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