La meilleure période pour se rendre à Panjakent est de juin à septembre.
Sur l'année, la température moyenne varie beaucoup. Elle se situe autour de 12 °C.
C'est en janvier que les températures sont les plus basses, avec des minimales autour de -4 °C. Avec en moyenne 31 °C de température maximale, c'est en juillet que les températures sont les plus élevées.
On compte généralement 66 jours de précipitations chaque année à Panjakent.
Septembre est le mois le moins pluvieux avec 6 mm et 1 jours de précipitations et Mars le plus pluvieux avec jusqu'à 106 mm et 11 jours de précipitations.
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| 16j | 14j | 15j | 17j | 22j | 26j | 29j | 29j | 28j | 26j | 20j | 19j |
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| 7j | 9j | 11j | 10j | 8j | 3j | 1j | 1j | 1j | 3j | 6j | 6j |
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| 5° | 7° | 13° | 18° | 23° | 29° | 31° | 30° | 25° | 18° | 11° | 6° |
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