La meilleure période pour se rendre au Trans Nzoia est de janvier à mars.
Sur l'année, la température moyenne varie peu. Elle se situe autour de 20 °C.
C'est en décembre que les températures sont les plus basses, avec des minimales autour de 14 °C. Avec en moyenne 29 °C de température maximale, c'est en mars que les températures sont les plus élevées.
On compte généralement 162 jours de précipitations chaque année au Trans Nzoia.
Janvier est le mois le moins pluvieux avec 10 mm et 2 jours de précipitations et Août le plus pluvieux avec jusqu'à 225 mm et 26 jours de précipitations.
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