La meilleure période pour se rendre au Haut-Badakhchan est en juillet et en août.
Sur l'année, la température moyenne varie beaucoup. Elle se situe autour de -5 °C.
C'est en janvier que les températures sont les plus basses, avec des minimales autour de -23 °C. Avec en moyenne 13 °C de température maximale, c'est en juillet que les températures sont les plus élevées.
On compte généralement 77 jours de précipitations chaque année au Haut-Badakhchan.
Octobre est le mois le moins pluvieux avec 19 mm et 3 jours de précipitations et Juin le plus pluvieux avec jusqu'à 78 mm et 10 jours de précipitations.
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| -13° | -10° | -6° | -2° | 4° | 9° | 13° | 12° | 7° | 1° | -6° | -11° |
| -23° | -20° | -16° | -12° | -6° | -1° | 3° | 1° | -3° | -9° | -16° | -21° |
