La meilleure période pour se rendre en Anjouan est de mai à octobre.
Sur l'année, la température moyenne varie peu. Elle se situe autour de 27 °C.
C'est en août que les températures sont les plus basses, avec des minimales autour de 25 °C. Avec en moyenne 29 °C de température maximale, c'est en mars que les températures sont les plus élevées.
On compte généralement 149 jours de précipitations chaque année en Anjouan.
Août est le mois le moins pluvieux avec 11 mm et 2 jours de précipitations et Janvier le plus pluvieux avec jusqu'à 273 mm et 23 jours de précipitations.
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